Су экожүйелеріндегі организмдердің түрлері мен саны судың тұздылығына, күн сәулесінің терең қабаттарға дейін түсуіне, ондағы еріген оттектің мөлшеріне, биогенді заттар мен температураға байланысты болады. Құрлықтық экожүйелерге қарағанда су экожүйелеріндегі оттекті қажет ететін организмдер судың бетіне жақын аймақтарында тіршілік етеді.
Су экожүйелерінің құрлық экожүйелерінен айырмашылығы төмендегідей:
біріншіден, құрлық экожүйелерінің продуценттері-өсімдіктер –биогенді заттар қорымен тамыр жүйелері арқылы тығыз байланыста болады. Су экожүйелерінің продуценттері -балдырлар- мұхит,көл,теңіз т.б. түбіндегі негізгі биогенді заттар қорын пайдаланады.
Екіншіден, құрлық экожүйелерде өсімдіктер көптеген жануарлардың қорегі болыпр табылады, сондықтан жануарлардың таралуы негізінен осы өсімдіктер қауымдастықтарына тікелей байланысты
Суда тіршілік ететін организмдер суда қозғалуына қарай планктон, бентос, және нектон деп бөлінеді. Су түбіндегі топырақта орналасуына қарай эпифауна –топыраққа бекініп, не сол арқылы қозғалып тіршілік ететін организмдер және инфауна-топырақ ішінде тіршілік ететін органзмдер болып бөлінеді.
