Қазақстан Республикасында билік тармағы заң шығару билігі, атқарушы өкімет және сот билігі болып үшке бөлінеді. Соның ішінде кеден органдары атқарушы өкімет билігіне жатады және өзінің өкілеттік шеңберінде төмендегідей міндеттерді шешеді:
1. Қазақстан Республикасының кеден саясатын әзірлеуге және іске асыруға қатысу;
2. Өз құзыреті шегінде Қазақстан Республикасының егемендігі мен экономикалық қауіпсіздігін қамтамасыз ету;
3. Орындалуын бақылау кеден органдарына жүктелген Қазақстан Республикасының кеден және өзге де заңдарының сақталуын қамтамасыз ету;
4. Қазақстан Республикасының кедендік шекарасы арқылы өткізілетін тауарлар мен көлік құралдарына қатысты Қазақстан Республикасының заңдарында белгіленген тарифтік және тарифтік емес реттеу шараларының сақталуын қамтамасыз ету;
5. Сыртқы экономикалық және кеден ісі саласындағы өзге де қызметке қатысушылардың құқықтары мен мүдделерін қорғау;
6. Қазақстан Республикасының заңдарына сәйкес, кеден ісі саласындағы құқық бұзушылыққа қарсы күресу;
7. Кедендік ресімдеу мен кедендік бақылауды жүзеге асыру және жетілдіру, сондай-ақ Қазақстан Республикасының кедендік шекарасы арқылы тауар айналымын жеделдетуге жәрдемдесетін жағдайлар жасау;
8. Өз құзыреті шегінде валюталық бақылауды жүзеге асыру;
9. Қазақстан Республикасының халықаралық міндеттемелерінің орындалуын қамтамасыз ету және Қазақстан Республикасының кеден ісі саласындағы халықаралық шарттарын әзірлеуге қатысу, шет мемлекеттердің кеден және өзге де құзыретті органдарымен, халықаралық ұйымдармен кеден ісі мәселелері бойынша ынтымақтастықты жүзеге асыру;
10. Бірыңғай бюджет саясатын іске асыруға, кеден органдарының материалдық-техникалық және әлеуметтік базасын дамытуға қатысу;
11. Өз құзыреті шегінде ұлттық қауіпсіздікті қорғау, қоршаған ортаны қорғау шараларын қамтамасыз ету;
12. Қазақстан Республикасының мемлекеттік шекарасында радиациялық бақылау жүргізу;
13. Қазақстан Республикасының заң актілерінде көзделген өзге де міндеттерді орындау болып табылады.
