Қазақстан әскери-теңіз күштері 1993 жылдың 2-сәуірінде Қазақстан Республикасы Президентінің Жарлығымен құрылды. Бастапқыда Ақтау қаласында әскери-теңіз базасы құрылды.
1999 жылдың шілде айында әскери-теңіз базасы Қазақстан Республикасы ҰҚК Шекара қызметі Теңіз бөлімдерінің құрамына кірді.
2003 жылдың 7-мамырында Қазақстан Республикасы Президентінің «Қазақстан Республикасы Қарулы Күштерiнiң құрылымын одан әрi жетiлдіру жөнiндегi шаралар туралы» №1085 Жарлығы шықты. Осы сәттен бастап Әскери-теңіз күштері Қазақстан Республикасы Қарулы Күштерінің жеке түрі ретінде қалыптасты.
2010 жылдың ақпан айында еліміздің Президенті – Қазақстан Республикасы Қарулы Күштерінің Жоғары Бас қолбасшысы Нұрсұлтан Әбішұлы Назарбаев Қазақстан Республикасы Қарулы Күштері Әскери-теңіз күштерінің қолбасшысына Жауынгерлік Туды табыстады.
Негізгі міндеттері:
Каспий теңізінің қазақстандық секторында Қазақстан Республикасының мемлекеттік шекарасын, аумақтық тұтастығын, егемендігі мен экономикалық мүдделерін қорғау.
Агрессордың шапқыншылығына лайықты тойтарыс беру, қарулы қақтығыстарды оқшаулау және алдын алуға атсалысу.
Порттық аймақты, мұнай табу нысандары орналастырылған жасанды аралдар және платформаларды қоса алғанда сулы аудандарды қорғау және күзету.
Суасты-диверсияға қарсы қорғаныс жүргізу.
Құрлықтағы әскерлердің қимылын теңізден қамтамасыз ету, теңіз десантын түсіруге жағдай жасау, әскерлер мен материалдық құралдарды тасымалдау, теңіз миналарын орналастыру.
Еліміздің ӘШҚ мүддесінде теңіздегі радиолокациялық бақылауымен бірге барлау қимылдарын жүргізу.
Халықаралық келісімдерге сәйкес бірлесе қорғану тапсырмаларын Каспий жағалауы мемлекеттерінің әскери-теңіз күштерімен бірге орындау.
Мұнай құйылған және басқа да азаматтық кемелерді шығарып салу.
Теңізде жүру қауіпсіздігін навигациялық-гидрографиялық қамтамасыз ету.
Қазақстан Республикасы Төтенше жағдайлар жөніндегі министрлікпен бірлесе теңізде іздестіру-құтқару жұмыстарын іске асыру.
Қарулы Күштердің бөлімдері мен құрамалары және Қазақстан Республикасының басқа да әскерлері, әскери құрылымдарымен бірлесе оқу-жаттығу тапсырмаларын орындау.
Қазақстан Республикасының мемлекеттік органдарына табиғатты қорғау және бақылау міндеттерін орындау, сондай-ақ теңіздегі апат немесе экологиялық апаттың зардабын жою барысында көмек көрсету.
