Дүниежүзілік кеден ұйымының басқару және атқару органдары:
1.Кеңес;
2.Саяси комиссия;
3.Құқық қорғаушы комитет;
4.Тұрақты техникалық комитет;
5.Шығу тегінің елі мәселелері жөніндегі техникалық комитет;
6.Кедендік баға беру жөніндегі техникалық комитет;
7.Үйлестірілген жүйе жөніндегі комитет;
8.Қаржылық комитет;
9.Үйлестірілген жүйені қайта қарау жөніндегі қосалқы комитет;
10.Ғылыми қосалқы комитет.
Тұрақты түрде әрекет ететін орган – ДКҰ хатшылығы Белгияның Брюссель қаласында орналасқан, оның штаты 104 қызметкер және 17 техникалық атташеден құралады.
Дүниежүзілік кеден ұйымының жұмыс органдары – Тарифтер және сауда жөніндегі директорат, Құқық қорғау қызметі және халықаралық саудаға жағдай жасау жөніндегі директорат, Институционалды даму жөніндегі директорат, Кедендік қызметтің негізгі бағыттары жөніндегі комитеттер мен қосалқы комитеттер.
