Бұл кәсіпорындардың айырмашылықтары көп. Ең негізгісі, АҚ - акционерлік қоғам, оның мүшелері акционерлердің жиналысы арқылы басқарылады. ЖШС - жауапкершілігі шектеулі серіктестігін оның директоры басқарады.
