«Электрондық үкімет» порталы құпия деректер сақтамайды. Электрондық анықтамаларды жасау үшін қажетті деректер мемлекеттік органдардың ақпараттық жүйелерінде сақталады. «Электрондық үкімет» инфрақұрылымының барлық құрамдауыштары бірыңғай қорғалған көліктік орта шеңберінде қызмет етеді. Сондай-ақ нақты бір адам туралы ақпаратты ЭЦҚ-сыз алу мүмкін емес, ол арқылы электрондық үкімет порталында сұраным авторын сәйкестендіру ске асырылады. Электрондық үкіметтің барлық құрамдауыштары ақпараттық қауіпсіздік нормаларына сәйкес келулеріне тексеріске өтеді.
