Жапонияның ең биік нүктесі – Фудзияма жанартауы, 3776 метр. Аралдарда жалпы жанартаулар саны – 150, соның ішінде сөнбегені – 15. Жапон аралдары сейсмикалық аймақ болып табылады, сондықтан жер сілкіну, жанартау атқылау сияқты құбылыстар жиі қайталанып тұрады. Сонымен қатар су астында болатын дүмпулердің әсерінен аса қуатты – цунами толқындары күрделі проблемалар туғызады. Жапонияның ірі жазығы Хонсю аралындағы – Канто жазығы ғана, қалған жазықтары кіші, аралдар жағалауларында.